Spore straty świątynia poniosła w XIX i XX w. - rozebrano krużganki i zabudowania kapituły, wewnątrz przemalowano gotycką polichromię. Ingerencją w średniowieczną bryłę kościoła było zastąpienie w 1906 roku pierwotnego gotyckiego portalu zachodniego neogotycką kruchtą. W 1950 roku wybuchł pożar, który zniszczył dachy, część sklepień nawy głównej, barokowe zwieńczenie wieży wraz z hełmami oraz belkę tęczową. Odbudowa w latach 1968-1971 przywróciła kościołowi dawny wygląd.
Z konkatedrą związana jest słynna legenda o garnuszku, która mówi o tym, że jeśli zostanie on stłuczony, świątynia ulegnie zniszczeniu.
Wyposażenie wnętrza:
Gotyk (do XVI w.)
- fragment płyty nagrobnej wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego Siegfrieda von Feuchtwangena, zmarłego w 1311 r.,
- grupa Ukrzyżowania sprzed 1422 r., z rzeźbą Jezusa pokrytym skórą zwierzęcą oraz ludzkimi włosami - dzieło warsztatu toruńskiego lub gdańskiego,
- rzeźby z łuku tęczowego: krucyfiks, Matka Boska Bolesna, św. Jan Ewangelista i św. Maria Magdalena (z początku XVI w.),
- kamienne sedilia w prezbiterium (z ok. XIII w.).
Renesans (XVI w.)
- stalle ufundowane w 1519 r. przez biskupa Jana Konopackiego, z fragmentami późnogotyckimi, przebudowane w początku XVII w.,
- nagrobek biskupa Piotra Kostki (zm. 1595 r.) w prezbiterium, z arkadową wnęką mieszczącą postać zmarłego przedstawionego jako śpiąca osoba – prawdopodobnie dzieło warsztatu krakowskiego,
- ambona z 1604 r. fundacji biskupa Wawrzyńca Gembickiego, przekształcona w 1676 roku.
Barok (XVII-XVIII w.)
- ołtarz główny z ok. 1650 roku, zrealizowany przez warsztat miejscowy według projektu G. B. Ghisleniego, fundacji biskupa Andrzeja Leszczyńskiego,
- obraz Zdjęcie z Krzyża według wzornika graficznego P.P. Rubensa z poł. XVII w.
- epitafium biskupa chełmińskiego Adama Kosa, zm. 1661 r.,
- obraz Pokłon Trzech Króli Luki Giordano z przełomu XVII i XVIII w.,
- ołtarz Św. Krzyża z 1744 roku według projektu G. B. Cocchiego, ze zwieńczeniem w postaci korony,
- ołtarz z obrazem przedstawiającym bł. Jutę, przypisywanym T. Kuntzemu (poł. XVIII w.)
